BrainNetClass:一个新兴脑信号分类机器学习工具包

BrainNetClass是一个2020年发布的集网络构建、特征输出、特征选择、交叉验证和支持向量机(libsvm)分类一体的工具包。

BrainNetClass 确实如其初衷一样,非常的便捷!但值得注意的是, BrainNetClass 只能用于分类,而且是二分类,不支持多分类(GUI模式),不支持回归(除非用batch模式大改)。但是对于做二元分类来说,比如区分疾病与健康被试,是很便捷的。

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快速生成大量测验报告

有时候我们会为了吸引被试参与实验,承诺给被试测验报告。当样本量很大的时候,这可能会涉及很大的工作量。

在这里,我提供了一种简易的方法。可以批量输出图文并茂的测验报告,同时可以在线查询

既然要简单,我们就不整数据库那一套了。这个方法主要是利用HTML格式丰富且易编辑的特点

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ROI 和 mask: 脑地图的操作——二维投射到三维

mask通常是一个二维或者三维的矩阵,它的存在是为了提取某些区域的信息,或者说将关注点聚焦到某些区域。三维的mask可以直接还原到原来的空间。二维的mask通常是做功能连接组分析时输出的结果,它表示选择了某些ROI,或者某些ROI通过了检验等等。为了可视化或者其它原因,可能需要将二维的mask投射回三维空间,输出三维mask。

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ROI 和 mask: 脑地图的操作——救急,我的mask没有labels!

有时候,我们得到的mask并没有标明其ROI节点属于什么区域,例如power264模板。当然我们可以逐个按照坐标查询,也可以用各种viewer逐个的可视化查询。但这种操作也都存在一个问题,即不好处理当ROI跨越多个区域的情况。

因此,我们可以将mask映射到已有label的模板上,例如AAL、brodman等等。

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ROI 和 mask: 脑地图的操作——提取

ROI map就是在一个标准脑空间里的坐标,是我们做脑网络分析的常用手段。其数据是一个3D的矩阵,矩阵中大于0的值为ROI,当有多个ROI的时候,用不同的值来表示。

有时候我们不需要全部的ROI,比如,我们只想要默认网络的map,就可以在YEO或者其它的模板上抠出来。

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