脑网络机器学习工具包NS_CPM

NS_CPM是本站开发的用于连接组信号进行机器学习分析的GUI工具包。NS_CPM使用一元线性模型、lasso回归或者相关向量回归(rvr)预测连续的行为变量,且搭建好了广泛使用的k-fold交叉验证框架和置换检验。NS_CPM可以输出重叠(Overlapping)的特征,用于特征泛化。NS_CPM提供简明的可视化操作,以及高自由度的脚本操作。其所有功能均支持并行运算,可以快速地在高性能服务器上开展数据分析工作,且已在MATLAB2010a及以上版本(WIN/LINUX)测试通过。

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快速生成大量测验报告

有时候我们会为了吸引被试参与实验,承诺给被试测验报告。当样本量很大的时候,这可能会涉及很大的工作量。

在这里,我提供了一种简易的方法。可以批量输出图文并茂的测验报告,同时可以在线查询

既然要简单,我们就不整数据库那一套了。这个方法主要是利用HTML格式丰富且易编辑的特点

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ROI 和 mask: 脑地图的操作——二维投射到三维

mask通常是一个二维或者三维的矩阵,它的存在是为了提取某些区域的信息,或者说将关注点聚焦到某些区域。三维的mask可以直接还原到原来的空间。二维的mask通常是做功能连接组分析时输出的结果,它表示选择了某些ROI,或者某些ROI通过了检验等等。为了可视化或者其它原因,可能需要将二维的mask投射回三维空间,输出三维mask。

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打开黑匣——机器学习特征篇之从矩阵到向量到矩阵

对于连接组机器学习来说,其特征(也可理解为自变量)就是功能连接矩阵,例如最常见的相关矩阵。

通常,特征以向量形式存在于分析过程中,即一行或者一列数据即为一个特征向量。而相关矩阵显然不满足这个要求,因此我们需要对它进行转换。有时候我们需要计算overlapping的边用于展示或者验证,又需要将特征向量投射回原来的矩阵。

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ROI 和 mask: 脑地图的操作——救急,我的mask没有labels!

有时候,我们得到的mask并没有标明其ROI节点属于什么区域,例如power264模板。当然我们可以逐个按照坐标查询,也可以用各种viewer逐个的可视化查询。但这种操作也都存在一个问题,即不好处理当ROI跨越多个区域的情况。

因此,我们可以将mask映射到已有label的模板上,例如AAL、brodman等等。

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心理学大数据测试与管理系统

很荣幸在我初进组的时候,得到老师的信任,让我来负责这样一个大型项目的行为数据收集工作。尽管遇到很多困难,但在大家的共同努力下,最终不负使命。离最初开始这个项目已经过去了两年,在这里,简单的记录一下部分工作内容。

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CPM-鲁棒的认知神经预测方法

CPM (connectome-based predictive modeling) 是近些年流行的神经影像分析方法之一。研究者通常借助CPM方法,探究某些认知特征背后的神经连接组模式。关于CPM的具体细节在Xilin Shen于2017年在nature protocol上发表文章中有详细阐述。以下为该文章的部分总结,可以供初学者了解。

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