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打开黑匣——MRI数据是什么样的？

MRI数据是磁共振设备为大脑拍摄的“照片”，直观的理解它就是很多幅图片。

比如一张结构像：

它是一张灰度图片，反映在数据上是这样的

很多不同角度的图片叠在一起，就形成了一个3d“无死角”的大脑结构。

用MATLAB来认识MRI数据非常合适，MATLAB内置dicom库，可以直接调用。它可以读取dcm、IMA等格式的图像。

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filename = 'a.dcm';
img = dicomread(filename);
header = dicominfo(filename);

dicomread 读取数据，然后用imagesc(img)即可可视化。

对于静息态来说，一张dcm读取进来的数据是二维的，但包含的却是三维的信息。而对于结构像T1或者DTI，则是二维的一个截面图像。

dicominfo包含该影像的所有信息，比如做任务态或者静息态的sliceorder信息

例如hearder.Private_0019_1029中就包含了每个slice的扫描时刻，这个信息可以用来判断sliceorder或者做多通道的slicetiming。

而转换过后的nii格式的数据，则是3维或者4维的。

nii格式的可以通过spm的命令读取

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% read Nii data to matlab workspace
v=spm_vol(‘stest.nii');
d=spm_read_vols(v,0);

% slice data
d1=d(:,:,150);
d11=squeeze(d1);

% imgage show
imagesc(d11)
colormap gray

既然是3D的数据，我们可以从各个角度观察它

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[x,y,z]=meshgrid(1:512,1:448,1:192);
sx=200;sy=200;sz=96;
slice(x,y,z,d,sx,sy,sz);
xlabel('x');ylabel('y');zlabel('z')
shading interp ;colormap gray
 
axis off;box off

while 1
    camorbit(2,0,'camera')
    M=getframe(gcf);
    nn=frame2im(M);
    [nn,cm]=rgb2ind(nn,256);
end

打开黑匣——MRI数据是什么样的？

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Author

SuperSpider

Posted on

2021-09-15

Updated on

2022-05-07

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