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ROI 和 mask: 脑地图的操作——二维投射到三维

mask通常是一个二维或者三维的矩阵，它的存在是为了提取某些区域的信息，或者说将关注点聚焦到某些区域。三维的mask可以直接还原到原来的空间。二维的mask通常是做功能连接组分析时输出的结果，它表示选择了某些ROI，或者某些ROI通过了检验等等。为了可视化或者其它原因，可能需要将二维的mask投射回三维空间，输出三维mask。

例如通过检验的连接组mask

将其投射回3d空间

做连接组分析的工具通常都能将mask投射回原空间，但通常不会输出三维的mask文件。

同样的，理解MRI数据结构之后，也可以手动将其投射回三维空间。

献上写好的代码

copy之后保存即可。

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function  TBX_FC2mask3d(outputName , ROImapFile , FC )
%% reflect selected Functional connectivty matrix to original mask 
% TBX_FC2mask3d(outputName  , ROImapFile, FC_matrix )


if ~strcmpi( outputName(end-2:end),'nii') 
    outputName = [outputName '.nii'];
end


v = spm_vol(ROImapFile);
d = spm_read_vols(v);
v.fname = outputName ;
newmask = d*0;

node = find(sum(FC,2)>0);

for i = 1: length(node)
    pnode =  node(i);   
    newmask(d==pnode)=pnode;        
end

spm_write_vol(v,newmask);

ROI 和 mask: 脑地图的操作——二维投射到三维

https://neurospider.cn/post/57393/

Author

SuperSpider

Posted on

2021-09-02

Updated on

2022-05-07

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