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ROI 和 mask: 脑地图的操作——提取

ROI map就是在一个标准脑空间里的坐标，是我们做脑网络分析的常用手段。其数据是一个3D的矩阵，矩阵中大于0的值为ROI，当有多个ROI的时候，用不同的值来表示。

有时候我们不需要全部的ROI，比如，我们只想要默认网络的map，就可以在YEO或者其它的模板上抠出来。

其原理很简单，首先用spm_vol和spm_read_vols函数读取nii文件，获得map数据。之后就是一些简单的矩阵运算了。

献上写好的函数

输入roi map可以是矩阵或者nii文件，ROIindex可以多个roi的值，输出为提取后的ROI map和合并的ROI map

copy之后保存即可。

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function  varargout=  TBX_extractROIfromTemple(varargin )
% TBX_extractROIfromTemple(templatepathORmat , ROIindex , outputfullpath) 
% example :
%               TBX_extractROIfromTemple('./aal.nii' , [3 4] , 'aal_Frontal_Sup.nii') 



if nargin >0
        template =  varargin{1} ;
end
if nargin >1
        ROIindex = varargin{2} ;
end
if nargin >2
        outputpath = varargin{3} ;
end



if ischar(template) 
    v = spm_vol( template);
    template = spm_read_vols(v) ;
end


mask = template*0 ;

for i = 1:length(ROIindex)
    roi = ROIindex(i) ;    
    mask( template==roi)=1;        
end


template(~mask) = 0;
mask = template;

if nargin>2
    v.fname = outputpath;
    spm_write_vol( v,mask)   ;
    
    v.fname = strrep( outputpath , '.nii' , '_mask.nii' );
    spm_write_vol( v,  logical( mask))   ;
            
else    
    varargout{1}= mask;
end

ROI 和 mask: 脑地图的操作——提取

https://neurospider.cn/post/24812/

Author

SuperSpider

Posted on

2021-04-15

Updated on

2022-05-04

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