怎么画边绑定图/circos图?


▴ Complex rearrangements of MLL in acute leukemias. These images are part of a poster that accompanies the publication of the MLL recombinome (C. Meyer et al., Leukemia 23, 1490 (Aug, 2009).

边绑定图/circos图是用来描述节点和边的关系的一种图,可以通过增加外圈的方式呈现丰富的信息。

在做脑网络分析的时候,经常会用这种图来表现脑区和脑区之间的关联。

用什么工具?

  1. http://www.circos.ca

专注于circos,很多研究者用它出图,发表了很多高质量的图,可定制度高。

2. NeuroMArVL – Brain Data Viewer (monash.edu)

这是一个很简单的在线工具,但是可以画出很好看的circos图,甚至有伪3D效果,比如这样的:

使用 NeuroMArVL 有一个非常需要注意的地方,否则画出来的图可能是错误的,并且你还未发现。

NeuroMArVL 有四个输入,分别是连接矩阵、坐标、属性和标签。其中的属性和标签文本需要使用CR换行符,windows直接输出的是不可以使用的!坐标文本使用的是CRLF换行符,可以在windows下直接生成。 CR换行符的文本可以用VSCODE之类的文本编辑器(记事本不行)来进行转化,或者使用Linux/mac来生成。 属性只可以使用数字。

可能作者的开发环境是mac或者Linux,开发过程忽略了这个问题,希望将来能够修复。

怎么画边绑定图/circos图?

https://neurospider.cn/post/17118/

Author

SuperSpider

Posted on

2021-06-15

Updated on

2022-05-07

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